第1話「改革のはじまり」PILOT

ニューヨークのニュー・アムステルダム病院に新任の医療ディレクター、マックス・グッドウィンがやってくる。マックスには妊娠中の妻ジョージアがいるが、現在は別居中だ。今度こそ私生活を大事にすると妻に約束する一方で、マックスは多くの問題を抱える病院の組織改革に着手する。病院の救急外来（ER）には今日も次々と患者が押し寄せる中、待合室でリベリアから来た少年が倒れエボラ出血熱の疑いが浮上。ERの責任者ブルームが担当となるが…。

第2話「祈りよ届け」RITUALS

ERにハイチで人道支援をしていた女性が息切れと胸痛で搬送されてくる。最近土砂崩れで大勢が亡くなったと聞いたブルームは、悲しみが心臓の筋肉の損傷を引き起こすたこつぼ症候群と診断。レイノルズが手術することになるが、患者と家族は手術前に守りの儀式ガットコーをやらせて欲しいと言い出す。精神科医イギーは学校で暴力を振るった少年レオを診察する。学校の精神科医から４種類の薬を処方されていたレオは無気力で糖尿病も発症していた。

第3話「ラスト5分の決意」EVERY LAST MINUTE

マックスの大胆な院内改革に驚いた院長フルトンは解雇を告げに来るが、マックスは３ヶ月で病院を立て直すと宣言し続投が認められる。そんな中、フルトンの亡き友人の妻が夫の遺産の寄付先を決めるため病院を訪れ、マックスが院内を案内することに。イギーとカプールは裸で墓を掘り起こしていたレイを担当し、刑務所から護送されてきた妊婦はブルームが主治医となる。一方、テレビ出演などで忙しいシャープは患者の信頼を失いつつあると感じていた。

第4話「手放す勇気」BOUNDARIES

胸部外科医たちはニュー・アムステルダム病院のレイノルズ、バプティスト病院のフェルナンデスを残して、全員が学会のためサンディエゴへ行っていた。そのフェルナンデスが解離性大動脈瘤でERに搬送されてくる。マックスが救急車を受け入れることができなくなったバプティスト病院の患者も引き受けることにしたため、ERは大混雑。そんな中、マックスは朝、病院の前で声をかけた足をケガしたホームレスの女性フェイのことが気になり、病院の外まで治療に出向く。

第5話「記事の向こう側」CAVITATION

ヘルスケア委員会の依頼でマックスに密着取材するため、新聞記者ルイス・ナヴァロがやってくる。そこへ警官の発砲により負傷した少年マリクとジェイレンが運ばれてくる。銃弾が貫通したマリクは危険な状態で、心臓外科が到着する前にブルームは規則に反するが自ら 心嚢穿刺 （ しんのうせんし ） を行う。一方、胸椎付近に銃弾が残ったままのジェイレンは容体が安定していた。だがカプールは麻痺が進んでいることに気づき、外科のハートマンに椎骨を固定するよう訴える。

第6話「アントロポセン」ANTHROPOCENE

クリストファーとダンの親子が交通事故でERへ。突然同時に発作を起こした彼らは、最近カナダ北部へ氷河を見に行き、永久凍土の上を歩いていた。検査の結果、親子には謎の病原体に感染した可能性が浮上する。その頃、資金集めのパーティーに出席して支援者たちと話していたマックス。そこへシャープとカプールから謎の病原体の件で緊急連絡が入り、途中で会場を抜け出してしまう。一方、レイノルズは警務病棟で突然倒れた囚人マニーの命を救うが…。

第7話「移植の輪」THE DOMINO EFFECT

ニュー・アムステルダム病院で他州の病院を巻き込んだ「ドミノ生体肝移植」が行われることになる。家族に適合者がいない患者６人に、ほかの患者の家族が肝臓の一部を提供し、最終的に全員が移植手術を受けられるようにするというものだ。だがイギーはドナーの1人の心理状態が不安定だと診断し、「移植の輪」が崩れてしまう。そこへグアテマラからの不法移民ディエゴが呼吸困難に陥った娘を連れてきて、マックスらはある苦肉の策を思いつく。

第8話「冒すべきリスク」THREE DOTS

マックスは扁平上皮がんであることを病院スタッフには隠したまま、シャープに放射線治療の照射の目印となるタトゥーを入れてもらう。カプールは偏頭痛を訴える患者エイミーに、精神科を受診するよう勧めてイギーの名刺を渡す。だが母親が精神科を嫌い、エイミーは病院からの帰宅途中に地下鉄のホームから電車に飛び込む。シャープは、あるがん患者の成功率が1割しかない手術についてマックスに相談する。マックスは手術した方がいいという考えだったが…。

第9話「再会」AS LONG AS IT TAKES

マックスはがんの治療を決意するが、副作用は少ないが効果が保証できない試験的な治験を選択する。シャープは反対するが、マックスの妻ジョージアは夫の決断を受け入れる。そんな中、運ばれてきた急患のサラが、27年前にこの病院でマックスの姉ルナがドナーとなり心臓移植を受けた女性だとわかる。動揺しながらも治療に全力を注ぐマックス。イギーはトランスジェンダーで乳房切除を強く希望する少女シェイと、それに反対する両親と話をする。

第10話「生きるための決断」SIX OR SEVEN MINUTES

ERに入退院を繰り返す60代の女性が搬送されてくる。心臓に植え込み型除細動器を入れる必要があるが、保険が効かないためレイノルズは病院の負担で手術しようと考える。シャープはマックスの検体を渡すため治験を行なっているパンタキに会い、ついでにデートの約束をする。そこへジョージアからマックスが突然倒れたという電話が入る。電話越しに喉の音を聞き、気道が塞がっていることに気付いたシャープはジョージアに喉を切開するよう指示する。

第11話「椅子の座り心地」A SEAT AT THE TABLE

マックスの化学療法が始まるが、シャープの助言を拒否して抗がん剤の点滴を引きずりながら、普段通りに仕事を続ける。マックスは副作用が出た時に自分の代理も務める、医療ディレクターの補佐役になって欲しいとシャープに頼むが…。一方、ERに”常連”のホームレス、アンディがやってくる。彼のために年間140万ドルが費やされていると知ったマックスは、経費削減のため知恵を絞る。イギーはオオカミの幻覚が見えるという青年トニーの治療を行う。

第12話「見落とし」ANIMA SOLA

化学療法を始めたマックスは吐き気に悩まされるが、シャープから薬をもらって仕事を続ける。ブルームはシャープが鞄の中を勝手に見てアデロールの過剰摂取を知られたことに怒り、距離を置こうとする。そこへプエルトリコ人のイヴァンが同僚ミゲルを連れてERへ。口腔内に潰瘍ができていたため、ブルームは仕方なく腫瘍科医のシャープに生検を依頼する。さらにミゲルと同様の患者４人が搬送されてくるが、ブルームとシャープは診断をめぐり意見が対立する。

第13話「行き場のない感情」THE BLUES

救急の仕事をこなしながら、アデロールの過剰摂取がやめられないブルーム。そこへ医師ジェシカの母アリソンが糖尿病性昏睡で運ばれてくる。アリソンが昔ながらの釣り船の船長だと聞いたマックスは、病院にも時代遅れの仕事があることに思い当たり、職員たちに仕事の見直しを促す。その後、マックスに呼ばれて薬の件で報告があったと告げられたブルームは、渋々ながらイギーの面談を受けることに。そんなブルームをシャープは心配するが…。

第14話「孤独な闘い」THE FORSAKEN

リハビリのため長期休暇に入ったブルームの代わりにERを任されたカンデラリオ。仕事の効率化のため、１人の患者につき医師が10分以内に診断を下すルールを定める。だがカプールは頭痛と関節痛を訴えるインド人女性の話を時間をかけて聞く。そこへ飛び降り自殺を図った男性が搬送されてくる。持っていた海兵隊のドッグタグの名前をイギーが退役軍人省に問い合わせると、持ち主は女性で、飛び降りた男性はアメリカ軍のために働いていたイラク人通訳者だった。

第15話「神の恩恵」CROAKLAHOMA

化学療法を続けるマックスは、仲間のがん患者たちが病気をさまざまなミュージカルのタイトルに絡めたパロディにして笑い合っている姿に驚く。そんな中、国連でローマ教皇が演説するため、マンチーニ枢機卿がシークレット・サービスの警護官を引き連れてやってくる。教皇に何かあった時に備えて、大統領室及びその周辺のフロアを封鎖したいと言われて、マックスは渋々了承する。そんな中、カプールが教皇を暗殺しようとしたという情報が…。

第16話「吹雪の中で」THE KING OF SWORDS

数十年ぶりの猛吹雪がニューヨークの街を襲い、交通事故で道路は大渋滞し、救急車が患者を運べなくなってしまう。マックスは医師や看護師が２人１組のチームで患者のもとへ向かうことを提案。カンデラリオが病院に残り、みんなの居場所をGPSで追跡することになる。一人暮らしの高齢女性がアパートで倒れたらしいという通報を受け、体調に不安があるマックスにシャープが同行することに。レイノルズとジェサップは公園近くで倒れた男性の救助に向かう。

第17話「トリアージ」SANCTUARY

猛吹雪により病院内に閉じ込められたマックスたち。さらに停電が起きて自家発電も作動せず、病院は大混乱に陥る。マックスは設備担当のヘンリーに発電機の修理を頼んだ後、１フロアの電力を１時間だけ使える非常用バッテリーが見つかり急場をしのごうとするが、ヘンリーが感電してERへ運ばれてくる。イギーは受刑者の患者バールなら発電機を直せると提案する。一方、心臓に穴が開いたヒューの手術の最中に停電となってしまった手術室では…。

第18話「価値あるもの」FIVE MILES WEST

シャープに代わってマックスの主治医になったスタウトン。仕事優先で治療がおろそかになりがちなマックスに、そろそろ治療に集中するべきだと言う。カンデラリオはひどい頭痛がする妊娠中のリンを診察し、レイノルズとシャープはERに運ばれてきた 嚢胞性 （ のうほうせい ） 線維症 （ せんいしょう ） の少女を治療する。そんな中、理事長ブラントリーは患者の未払いの医療費を回収するため、借金の取り立て業者に未払い請求書を売却しようとしていた。それを知ったマックスは…。

第19話「幸せになれる場所」HAPPY PLACE

マックスはスタウトンの治療方針に不満を抱きシャープに相談するが、主治医に従えと突き放される。カプールは人工内耳の手術をしてから９ヶ月が経っても不調を訴え続けるマーゴの検査をする。レイノルズはマックスの指示で、大嫌いな事務仕事である四半期の予算書を作成することに。そこへ交通事故に遭ったマリー・マクニール巡査が運び込まれる。相棒のアンジェロや同僚の警官らも押し寄せてくる中、彼女をはねたレオンも搬送され、ERは騒然とする。

第20話「偶然に抗え」PREVENTABLE

手術中に死亡したマクニール巡査の死亡症例検討会が開かれ、チーフレジデントのノッティンガムが報告役を務める。だが機嫌の悪いマックスは、手術をしたレイノルズ本人が報告するべきだと主張。レイノルズは手術にミスはなかったと説明するが、マックスは納得しない。マックスを心配したシャープはイギーのところへ相談に行く。一方、ソーシャルワーカーのドブスがイギーのもとを訪れ、患者アヴィーの母親が職を得たため退院させたいと申し出るが…。

第21話「終わりじゃない」THIS IS NOT THE END

スタウトンの勧めで強力な化学療法を続けるマックスは副作用で衰弱していた。そこへホームレスの青年ルークがERへ運び込まれる。ボツリヌス菌による 蜂窩織炎 （ ほうかしきえん ） と診断したマックスは、具合が悪い中、自ら治療を行う。ルークが保険に未加入であるため来院が遅れて悪化したことに着目したマックスは、ERにいる無保険患者全員の保険加入を支援することに。一方、イギーはシャープから受けた聞き取り調査で治療の範囲を超えた患者への接触を指摘され困惑する。

第22話「ルナ」（最終話）LUNA

マックスが病院を休んでいる間、医療ディレクターの代役を務めるシャープ。早速イギーとカプールが重症のPTSD患者を治療するために、合成麻薬のMDMAを使う許可をもらいにくる。一方、マックスのアパートを訪れたブルームは血塗れの服を着たマックスを見て驚く。ジョージアが前置胎盤破裂を起こして出血したのだ。ブルームは動揺するマックスに救急車を呼ぶよう指示した後、止血の処置をするが、子宮収縮が起きて母子ともに危険な状態に…。